Während Didgeridoos aus allen möglichen Materialien hergestellt werden können, werden Yidakis gewöhnlich aus Stämmen lebender Eukalyptusbäume gefertigt. Auch passende Äste kann man hin und wieder finden, wenn auch sehr selten. Die Bäume werden von Termiten ausgehöhlt, die man auch als „white ants“ bezeichnet („weiße Ameisen“, obwohl sie keine Ameisen sind). Im Yolŋu-Land wird meistens das Holz des Gadayka oder Stringybark (Eucalyptus tetradonta), manchmal aber auch Guŋurru‘ oder Darwin Woollybutt (Eucalyptus miniata), oder eine von zwei Bloodwood-Arten, Badawili (Corymbia ferruginea) oder Dhumulu‘ (Corymbia polycarpa) benutzt.

Die Auswahl der richtigen Bäume ist wahrscheinlich die größte Kunst beim Bau eines Yidaki. Ein gutes Yidaki zu finden ist nicht so einfach, wie Sie vielleicht erwarten würden. Es spielen viele Faktoren mit hinein, und nur wer sich seit Jahren mit dem Bau von Yidakis beschäftigt hat, wird sie alle verstehen. Obwohl viele Beteiligte weltweit über die Vor- und Nachteile verschiedener Baumethoden diskutieren, steht fest, dass es kein besseres Didjeridu gibt als eins, das aus der Natur stammt.

Ein Yidaki-Bauer sucht sich einen geeigneten Abschnitt des Waldes, oft mit felsigem Untergrund, und folgt beim Gang durch den Wald seinen Instinkten und seinem geschulten Auge, um einen passenden Stamm zu finden, der getestet werden kann. Einige Yidaki-Bauer wie Djalu‘ Gurruwiwi testen zunächst das Resonanzverhalten des Stammes, indem sie mit dem stumpfen Ende der Axt gegen den Stamm schlagen. Die meisten schälen ein Stück der Rinde vom Stamm und schnipsen mit dem Fingernagel gegen das Holz. Wenn es gut klingt, sowohl im unteren als auch im oberen Bereich – hohl, aber nicht zu hohl –, beginnen die Fällarbeiten. Bevor der Baum aber endgültig gefällt wird, werden noch einige andere Tests durchgeführt, um sicher zu stellen, dass das untere Ende auch auch wirklich so hohl ist wie erwartet.

Wenn nach den ersten Tests alles gut erscheint, wird der hohle Baum gefällt und weiterbearbeitet, indem die Rinde entfernt, das Holz von außen heruntergearbeitet und wenn nötig das Innere freigemacht wird. Heutzutage werden auch moderne Werkzeuge, Leim und sogar Klebeband benutzt. Manchmal lässt man den Stamm in der Sonne liegen, oder man legt ihn ins Wasser, von einer Nacht lang bis zu einem Monat, um ihn für die Bearbeitung vorzubereiten. In äußerst seltenen Fällen ist Regenwasser in den lebenden hohlen Baum gelaufen, und somit ist das Holz bereits präpariert.